电影版《游戏王》改编自日本家喻户晓的纸牌游戏和电视卡通片，故事的小主人公武藤游戏是一个对纸牌游戏走火入魔的高中男孩儿，与怪兽斗争是他肩负的最大使命！　　看似简单的纸牌游戏，背后的真相永远比我们想象要复杂得多，它蕴含了能够改变历史进程的古老神秘力量！在埃及沙漠的深处，一个古老的恶灵被重新唤醒：几百年前被武藤游戏神秘的第二个我--“法老王”打败的亡灵之神重返人间，他要彻底打败武藤游戏并成...

本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗...

故事背景为架空世界“碧岛”，这座位于日本列岛西南方的岛屿，被财团改造成宏大华丽的白金牢笼。本作主人公是濑良垣苍叶（私市淳 配音），在旧住民区一家“平凡”商店里打工，犬型智能伴侣“莲”常伴其左右，好友红雀（高桥广树 配音）亦对其照顾有加。然而从以前开始，苍叶就一直忍受着原因不明的头痛。同时，岛内又开始流行起一种虚拟对战游戏——“莱姆”。一向对此毫无兴趣的苍叶，某天在送货路上，突然被一名神秘人物拉入了...