本片根据IDEA FACTORY于08年9月发行的PS2女性向恋爱冒险游戏《薄樱鬼——新选组奇谭》改编。动乱的幕末时期，雪村千鹤是在江户长大的兰学医者雪村纲道的女儿.父亲纲道原本应该是与女儿分开后在京都工作的。可是父亲突然神秘失踪，因为联络不上父亲而担心的千鹤决定女扮男装前往京都探访。在那里，她所看见的是，与饥渴地寻求鲜血的妖怪所战斗并制伏他们的新选组的队士们。千鹤与新选组结下了奇妙缘分，并因缘际...

久3年12月末。 为了寻找杳无音讯的父亲，雪村千鹤离开了老家江户，来到了京都。就在那一天，她几乎被嗜血的怪物袭击。 在那里，她获救于被称为“斩人集团”的新选组，并且在偶然之下，触及了他们极力隐藏的秘密，最终被他们软禁在屯所之中。 紧接而来的是一个接一个的神秘人物。还有那不住深入的新选组的黑暗... 在寻找失踪父亲的过程中，千鹤渐渐的知道了秘密的全貌，还有自己...