「STAR DRIVER 闪亮的塔科特」的一切开端是发生在南十字岛的地下，在某天晚上，一个被称为“サイバディ”的谜之人形像给“绮罗星十字团”一派解开了人形像的其中一个封印。为了能够完全解开封印，绮罗星十字团以关键的巫女，扬卷和子，为目标而展开行动。就在此时，另一架谜之“サイバディ”道伯恩突然出现了，而让他动起来的就是自称为“银河美少年”的高中生特纳西·塔克特这名少年... ...

故事发生在天保14年的江户。当时在老中?水野忠邦实施的财政紧缩政策之下的老百姓生活在极度困扃中。国内government的压迫，加上外国殖民者入侵的威胁，在江户的大街小巷中弥漫着一种不安的气氛。在不为世人所知的地下，存在着一个秘密的神社。这个神社表面上对外称是对外国传入的学术文化进行研究调查的『蛮社改所』，而实际上则是专门对付各国潜入日本的『妖夷』，并负责将他们秘密抹杀的government隐蔽机...

拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到...