一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。...

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。 这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺...

存在于分为13个自治区的王国中的，巨大统一组织“ACCA”。 由于过去的政变危机而结成的ACCA，已持续守护了国民的和平百年之久。 ACCA本部监察课副课长吉恩·奥塔斯，是个有着“蹭烟的吉恩”这一绰号的、组织里头号难对付的男人。 他一边漫不经心地抽着烟，一边走遍13区进行对不法行为的视察。 盯上这样的吉恩的视线、危险的传闻以及——点心时间。 吉恩的和平日常，慢慢被卷入世界的阴谋！...

明治时代，随着文明开化及迅速西化，使得日本进入前所未有的改革期。无法接受这种变化的人、及对于新政府有所不满的人因此犯下罪过。而囚禁这些罪犯的地方，便是位于日本最大湖——琵琶湖湖心的巨树监狱！以作为摆渡人，代代供奉大蛇的阴天神社三兄弟为中心，各式各样的现实与未解之谜交错，潇洒奢华的故事终于揭开序幕。...