U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕...... ...

该作为此前『机动战士高达UC』的续篇，故事讲述了『高达UC』后一年，超越人类智慧和力量的独角兽和报丧女妖渐渐被人们遗忘，而这时独角兽三号机同为RX-0的机体菲尼克斯在地球圈出现…...