火野国中1年级的植木耕助，某天突然得到了“将自己认为是垃圾的东西变成树”的能力，授予他这个能力的是天神候补的天界人小林老师。100名天神候补授予各自选中的中学生以不同的能力，让其战斗，能够选中最强中学生的天神候补就可以成为下届的神。于是一场惊天动地的战斗展开了。 但是这种能力一旦伤害普通的人类，自身拥有的才能就会一点点消失。然而一旦在战斗中胜出的话，就能拥有”空白之才“（拥有者能拥有任何一种想要的...

　　1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。　　11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、...

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　　遥远的未来，人类散布到宇宙各处，建立了繁荣的文明，名为「EDEN」。但是在600年前突然发生的不明灾害时空震毁掉了这一切，失去了超光速航行、超光速通信等高科技的宇宙进入了人类文明的「黑暗时代」。　　而后到了400年前，「白月」出现在行星「特兰斯巴尔」上空，住在白之月的「月之圣母」将 「遗失文明」中对人类有益的技术称为「天惠」教导给人们，也因此建立了特兰斯巴尔皇国。特兰斯巴尔历100年...

　　世界的崩溃开始了。　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、　　用强大的力量进化成了秩序兽。　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽...

　　看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，　　缅因猫兽再度开始暴走。　　“不能让你诞生在世上…”　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。　　保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。　　随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。　　其...

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……　　“所以说过去的事情我不知道啦！”　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。　　对于因受...

　　太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的...