U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕...... ...

　　8月12日，灼热的京都左京区。　　“下鸭幽水庄”唯一的空调不开了。坏朋友小津昨晚把遥控器给淹了。　　正当“我”和电影社团“みそぎ”的冷酷美人明石商量对策时，出现了一个长相木讷、素不相识的男学生·田村。据说他是乘坐时光机从25年后的未来过来的。　　就在这时，“我”突然灵光一闪。用这个时间机器回到昨天，拿起坏掉之前的遥控器不就行了吗！但是，小津他们随心所欲地改变昨天，改写过去。预感到世界...